Kongressen är Målaremästarnas högsta beslutande församling och kan likställas med en bolagsstämma. Den äger rum vartannat år. På kongressen behandlas bl a motioner som inkommit från medlemmarna och eventuella stadgeändringar.

Kongressen väljer ordförande och två ledamöter på fria mandat till Målaremästarnas styrelse. Övriga sju ledamöter till styrelsen väljs av distrikten, som utser en ledamot vardera. Styrelsen utser i sin tur ett presidium som består av ordförande, vice ordförande och verkställande direktören.

Styrelsens uppgift är att fastställa Målaremästarnas strategiska mål. Verkställande direktören verkställer besluten tillsammans med sina medarbetare.